志贺菌属和沙门菌属都是肠道致病菌，在临床和微生物学检验中对二者进行辨别十分要紧，以下从多个方面讲解它们的辨别要素。
第一是生物学特质。形态上，二者均为革兰阴性杆菌，但志贺菌无鞭毛，不可以运动，而沙门菌绝大部分有鞭毛，能运动，这是一个关键的辨别点。培养特质方面，志贺菌在普通琼脂平板上形成中等大小、半透明的光滑型菌落，而沙门菌在肠道选择培养基上形成无色透明或半透明菌落，且在SS培养基上部分菌株可产生硫化氢，使菌落中心呈黑色。
生化反应差异明显。志贺菌分解葡萄糖产酸不产气，不分解乳糖（宋内志贺菌迟缓发酵乳糖），VP试验阴性，不产生硫化氢，不借助枸橼酸盐。沙门菌能分解葡萄糖产酸产气（伤寒沙门菌产酸不产气），多数菌株能分解乳糖，VP试验阴性，大多产生硫化氢，能借助枸橼酸盐。
抗原结构不同。志贺菌有O抗原和K抗原，无H抗原，O抗原是分类的依据，可分为4群40多个血清型。沙门菌具备复杂的抗原结构，主要有O抗原、H抗原和Vi抗原，依据O抗原和H抗原的不同可分类和分型。
致病性也有不同。志贺菌主要引起细菌性痢疾，包含急性菌痢、慢性菌痢和中毒性菌痢，其致病物质主如果侵袭力和内毒素，部分菌株能产生外毒素。沙门菌可引起肠热症（伤寒、副伤寒）、食物中毒、败血症等多种疾病，致病物质包含侵袭力、内毒素和肠毒素。
微生物学检查中，标本采集有差异。志贺菌主要采集脓血便或黏液便，而沙门菌在不同疾病阶段采集不同标本，如肠热症第1周取血液，第2周起取粪便和尿液。血清学诊断办法也不同，志贺菌一般不做血清学诊断，而沙门菌常用肥达试验辅助诊断肠热症。
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